REGLYS - Rôle de l’interaction glycome-microbiome sur la susceptibilité aux infections virales bovines et le bien-être des animaux

Contexte et enjeux

Chez les bovins, les infections respiratoires ont un impact majeur sur leur santé et leur bien-être. La protection des voies respiratoires supérieures contre les infections bactériennes et virales est en grande partie assurée par le mucus, composée de mucines, en interaction avec le microbiote respiratoire. Notre hypothèse est que les antibiotiques, en perturbant la fonctionnalité de cet écosystème protecteur et en altérant le microbiome et les glycanes (« glycome ») attachées aux mucines, augmentent la susceptibilité aux infections respiratoires virales et bactériennes et indirectement impactent le bien-être des animaux. Pour ce faire, nous étudierons les réponses clinique, comportementale, microbienne et immunologique de veaux exposés à des pathogènes respiratoires après un traitement antibiotique visant à perturber le complexe microbiote-mucine des muqueuses, et nous les comparerons à celles de leurs congénères non exposés.

Objectifs

En combinant des approches innovantes de glycomique et de métagénomique avec des analyses sur l’infection, ce projet vise à décortiquer les mécanismes liés à l'effet protecteur du mucus contre les pathogènes. Il fournira de nouvelles informations sur l'impact des antibiotiques sur le risque d'infection polymicrobienne, la santé, le bien-être et le comportement des animaux. Enfin, il ouvrira la voie au développement de stratégies pré- et probiotiques contre les infections respiratoires. Plus précisément les objectifs sont de :

• Caractériser les dynamiques temporelles du microbiote respiratoire et digestif (axe poumon-intestin), du glycome (glycanes attachés aux mucines) et le comportement chez les individus sains ou traités aux antibiotiques
                                   
• Comprendre comment ces modifications impactent la réceptivité de l’arbre respiratoire aux infections virales (Influenza D ; Coronavirus bovin) et bactérienne (Mycoplasma bovis).
                                       
• Caractériser les  biomarqueurs microbiens, glycomiques, ou comportementaux des animaux traités aux antibiotiques puis  infectés, qui peuvent être prédictifs de l'issue de la maladie et de la résilience (capacité de l'animal à résister à l'infection, à s'y adapter et à s'en remettre)

Espèce concernée

Partenariats

• UMR ISP, INRAE, Département MICA : resistome
• UMR MIGALE, INRAE, Département MICA-MATHNUM : analyses bio-informatique et biostatistiques
• UMR HERBIVORES, INRAE, Département PHASE : éthologie, doleur, outils de l’élevage de précision
• UMR GENPHYSE, INRAE, Département PHASE : microbiote, éthique, physiologie animal
• UMR IHAP, INRAE, Département SA : virologie, pathologie des ruminants, microbiote
• Partenaires extérieurs : PAGés ( Plateforme d'Analyse des Glycoconjugués, Faculté des Sciences et Technologies de Lille) : glicomique ; GetPlage : séquençage ; LABÉO : biochimique et immunologie ; IRTA (Institute of Agrifood Research and Technology) : bien-être animal