Contexte et enjeux

Ce projet propose une étude longitudinale de terrain portant sur une large cohorte de veaux élevés dans des conditions d’élevage commercial. Chez les bovins, les infections respiratoires ont un impact majeur sur leur santé et leur bien-être. La protection des voies respiratoires supérieures contre les infections bactériennes et virales est en grande partie assurée par le mucus, composée de mucines, en interaction avec le microbiote respiratoire. 

S’appuyant sur les résultats du projet REGLYS, qui a caractérisé les microbiotes respiratoire et digestif, le glycome et les profils comportementaux en conditions contrôlées, NEOGLYS adopte une approche holistique en conditions réelles. En suivant les animaux tout au long du cycle de production, nous visons à identifier les déterminants physiologiques et comportementaux de la résistance, de la résilience et de la susceptibilité aux maladies infectieuses. Ces connaissances permettront d’identifier des signatures microbiennes associées à la robustesse, ouvrant la voie à la conception de communautés microbiennes synthétiques (SynComs) à potentiel probiotique ciblé.

Une autre innovation majeure réside dans l’utilisation du suivi acoustique pour enregistrer la fréquence et le type de toux. Cette méthode non invasive, inspirée de la recherche clinique humaine, pourrait permettre de différencier les étiologies virales et bactériennes chez les veaux. Si elle est validée, elle favoriserait un diagnostic précoce et guiderait un usage plus ciblé des antibiotiques, contribuant ainsi à la réduction des traitements inutiles et au renforcement de la gestion raisonnée des antimicrobiens.

En complément, des technologies de suivi du bien-être de précision — notamment des accéléromètres et des bolus ruminaux — seront déployées afin d’évaluer des indicateurs physiologiques et comportementaux du bien-être animal.

Espèce concernée

Partenariats

• UMR Herbivores (PHASE) : comportement animal, bien-être, agriculture numérique
• UMR IHAP (SA) : virologiste, microbiologiste, spécialiste du microbiote, data scientist, spécialiste des ruminants, anatomopathologiste
• UMR MaIAGE (MICA/MathNum) : bioinformatique et gestion des données
• UMR GenPHYse (PHASE) : analyse SCFA, spécialiste du microbiote
• UMR VIM (SA) : immunologiste spécialisé dans les ruminants, infections respiratoires
• UMR ISP (SA) : immunologiste spécialisé dans les ruminants, infections intestinales

Partenaires extérieurs : 

• LABEO : analyste sanguin
• IRTA (Espagne) : expert en bien-être animal, agriculture numérique. Expert EFSA
• CSIC (Espagne) : immunologie et physiopathologie post mortem
• AU (Danemark) : biochimie moléculaire
• UAB (Espagne) : écologiste microbien
• Unitus (Italie) : bioinformaticiens
• La Salle (Espagne) : acoustique et traitement du signal
• WU (Pays-Bas) : immunologiste spécialisé dans les ruminants